Una gran parte de los pacientes con Síndrome de Fatiga Crónica o Encefalomielitis Miálgica (SFC/EM) presenta síntomas digestivos persistentes. Estos trastornos no sólo afectan a su calidad de vida, sino que pueden estar profundamente implicados en los mecanismos fisiopatológicos de la enfermedad. En las últimas décadas, se ha acumulado evidencia que apunta al intestino como un órgano clave en la activación inmune, la inflamación crónica de bajo grado y la disfunción neuroinmunológica característica del SFC/EM.


Síntomas digestivos frecuentes en SFC/EM

Muchos pacientes refieren:

  • Dolor o molestias abdominales
  • Digestiones pesadas y sensación de hinchazón
  • Gases excesivos, diarrea, estreñimiento o ambos (patrón mixto)
  • Náuseas o reflujo
  • Intolerancias alimentarias no mediadas por alergias (gluten, lactosa, fructosa, histamina)

Estos síntomas se superponen con el Síndrome del Intestino Irritable (SII), que coexiste en un porcentaje elevado de personas con SFC. Una revisión sistemática encontró que entre el 38% y el 92% de los pacientes con SFC cumplen criterios para SII (Hsu et al., 2025., Journal of Translational Medicine).


Disbiosis intestinal: microbiota alterada

Uno de los hallazgos más consistentes en el SFC es la alteración del ecosistema intestinal o disbiosis. En un influyente estudio publicado en Microbiome (Giloteaux et al., 2016), se identificó una menor diversidad bacteriana y un aumento de especies proinflamatorias en personas con SFC, en comparación con controles sanos.

Otros estudios han confirmado este desequilibrio, mostrando:

  • Déficit de Bifidobacterium, Faecalibacterium prausnitzii, Lactobacillus y Akkermansia muciniphila
  • Exceso de Alistipes, Clostridium spp. y Enterobacteriaceae
  • Reducción de ácidos grasos de cadena corta (SCFA), especialmente butirato, un metabolito clave para la salud intestinal y la regulación inmune (Wang, et al., 2024)

Este perfil microbiano alterado podría influir negativamente sobre el sistema inmunitario, el metabolismo energético y el estado cognitivo, a través del eje intestino-microbiota-cerebro.

La disminución de Bifidobacterium se ha documentado en pacientes con SFC/EM, asociándose a disbiosis, inflamación intestinal y alteraciones del eje intestino-cerebro.
La disminución de Bifidobacterium se ha documentado en pacientes con SFC/EM, asociándose a disbiosis, inflamación intestinal y alteraciones del eje intestino-cerebro.

Permeabilidad intestinal aumentada (“intestino permeable”)

Numerosos estudios han señalado que los pacientes con SFC presentan signos de aumento de la permeabilidad intestinal, lo que permite el paso de fragmentos bacterianos, antígenos alimentarios y toxinas al torrente sanguíneo. Este fenómeno puede desencadenar inflamación sistémica crónica y contribuir a síntomas multisistémicos.

En uno de los estudios más citados, Maes et al. (2007) observaron niveles elevados de anticuerpos IgA e IgM frente a lipopolisacáridos (LPS) bacterianos en pacientes con SFC, lo que indicaba translocación bacteriana desde el intestino.

¿Qué es la translocación bacteriana?
Es el paso anómalo de bacterias (o fragmentos de ellas, como toxinas o componentes de su pared celular) desde el interior del intestino —donde normalmente están confinadas— hacia la sangre u otros tejidos. Esto ocurre cuando la barrera intestinal se debilita, permitiendo que productos bacterianos atraviesen la mucosa e inicien una respuesta inmunitaria sistémica. En el caso del SFC/EM, este fenómeno puede contribuir a una inflamación crónica de bajo grado y al empeoramiento de los síntomas multisistémicos.

Representación del epitelio intestinal con uniones estrechas, células inmunes y vasos. Cuando estas uniones se debilitan, se produce translocación bacteriana, permitiendo el paso de toxinas y microbios al interior del organismo, lo que puede activar respuestas inflamatorias crónicas.
Representación del epitelio intestinal con uniones estrechas, células inmunes y vasos. Cuando estas uniones se debilitan, se produce translocación bacteriana, permitiendo el paso de toxinas y microbios al interior del organismo, lo que puede activar respuestas inflamatorias crónicas.

También se ha documentado una ruptura de la tolerancia inmune hacia bacterias comensales (Maes & Leunis, 2008) y un aumento de la zonulina, marcador asociado a una alteración de las uniones estrechas del epitelio intestinal (Martin et al., 2023).


Inflamación de la mucosa y respuesta inmune local

La inflamación subclínica de la mucosa intestinal también es un hallazgo frecuente. Algunos estudios han detectado:

  • Elevación de IgA secretora, como signo de hiperreactividad inmunológica
  • Aumento de eosinófilos en mucosa (EPX elevada)
  • Activación de células inmunes en el epitelio intestinal

Estos datos sugieren que el sistema inmune de la mucosa está crónicamente estimulado, lo cual puede contribuir tanto a la disbiosis como a la sintomatología general.


Intolerancias alimentarias no mediadas por IgE

Además de los procesos inmunológicos intestinales, muchos pacientes con SFC desarrollan intolerancias alimentarias adquiridas. Algunas de las más frecuentes incluyen:

  • Fructosa (por déficit de transportador GLUT-5)
  • Lactosa (por déficit de lactasa)
  • Histamina (por disfunción enzimática o de microbiota)
  • Sensibilidad al gluten no celíaca

Estas intolerancias no siempre son detectables mediante tests convencionales, pero su exclusión puede mejorar significativamente síntomas digestivos y sistémicos.


Eje intestino-cerebro e implicaciones neuroinmunológicas

El intestino y el cerebro están conectados por una red compleja de vías neuronales, inmunológicas, hormonales y metabólicas. Las alteraciones en la microbiota y la mucosa pueden afectar la función cerebral mediante:

  • Producción anómala de neurotransmisores o sus precursores
  • Disminución de SCFAs (como el butirato) que modulan la inflamación cerebral
  • Activación inmune crónica y neuroinflamación

Este vínculo fue descrito en la revisión de Stallmach (2024), quienes proponen que la disbiosis intestinal puede ser una causa subyacente del deterioro cognitivo, la fatiga y el dolor en el SFC/EM.

El eje intestino-cerebro representa la comunicación bidireccional entre el sistema digestivo y el sistema nervioso central. Esta conexión influye en la inflamación, la función inmunológica y el estado anímico. Alteraciones en la microbiota intestinal pueden afectar directamente al cerebro en condiciones como el SFC/EM.
El eje intestino-cerebro representa la comunicación bidireccional entre el sistema digestivo y el sistema nervioso central. Esta conexión influye en la inflamación, la función inmunológica y el estado anímico. Alteraciones en la microbiota intestinal pueden afectar directamente al cerebro en condiciones como el SFC/EM.

Posibles causas: infecciones y antibióticos

En muchos casos, los síntomas digestivos comienzan tras:

  • Una infección gastrointestinal aguda
  • El uso repetido de antibióticos de amplio espectro
  • Tratamientos inmunosupresores o periodos de estrés prolongado

Estos factores pueden dañar la microbiota, alterar la mucosa y desencadenar una respuesta inmune persistente que mantenga el círculo vicioso.


Evaluación clínica y pruebas complementarias

Dado el peso de la disfunción digestiva en el SFC/EM, se recomienda realizar una evaluación específica con pruebas como:

1. Composición y diversidad microbiana (disbiosis)

  • Test de microbiota intestinal (NGS o 16S): permite identificar déficits de simbiontes clave (Faecalibacterium prausnitzii, Akkermansia muciniphila), sobrecrecimiento de especies proinflamatorias (Clostridium spp., Enterobacteriaceae), pérdida de diversidad y cambios en las proporciones de Firmicutes/Bacteroidetes.
  • Evaluación de especies productoras de SCFAs (ácido butírico, acético, propiónico) y de potenciales patobiontes o bacterias con capacidad de translocación.

2. Permeabilidad intestinal y función de barrera

  • Zonulina (sérica o fecal): marcador de disfunción de uniones estrechas.
  • Alfa-1-antitripsina fecal: indica pérdida de proteínas o permeabilidad aumentada.
  • IgA secretora fecal: mide la reactividad inmunitaria de la mucosa.
  • EPX (proteína de eosinófilos) y calprotectina: inflamación intestinal, alérgica o neutrofílica.
  • Beta-defensinas: reflejan activación inmune innata frente a microorganismos.

3. Metabolismo microbiano y disbiosis funcional

  • Ácidos orgánicos en orina: indican fermentación anormal (ácido D-láctico, hipúrico), sobrecrecimiento fúngico (D-arabinitol), disbiosis severa o alteraciones en neurotransmisores (HVA, VMA, quinolínico).
  • Útil también para detectar deficiencias en metabolismo mitocondrial, estrés oxidativo o detoxificación.

4. Intolerancias alimentarias no IgE

  • Test de aliento (hidrógeno/metano): para malabsorción de lactosa, fructosa o sorbitol.
  • DAO en suero: para valorar capacidad de degradar histamina.
  • Anticuerpos IgG frente a alimentos comunes: orientativos en casos de reactividad alimentaria adquirida.
  • HLA DQ2/DQ8 y gliadina no celíaca: para sensibilidad al gluten sin celiaquía.

5. Función digestiva y absorción

  • Elastasa pancreática: detecta insuficiencia pancreática exocrina.
  • Grasas fecales (esteatorrea): indican malabsorción de lípidos.
  • pH fecal: útil para valorar fermentación excesiva.
  • Ácidos biliares en heces: en diarrea funcional persistente.

6. Inmunidad e inflamación intestinal

  • IgA total e IgA secretora: valoración de mucosa y defensa local.
  • Citocinas en heces (IL-6, TNF-α, IL-1β): en laboratorios especializados.
  • Translocación bacteriana: IgA o IgM frente a LPS, flagelina o endotoxinas.
  • Perfil inmunológico sistémico (opcional): linfocitos, citoquinas, inmunoglobulinas si se sospecha disfunción inmunitaria sistémica asociada.

7. Traslocación bacteriana, endoxemia y daño de barreras

  • LBP (LPS-Binding Protein): proteína plasmática que se eleva ante la exposición sistémica a lipopolisacáridos (LPS). Es un marcador sensible de endotoxemia y disfunción de barreras intestinales.
  • sCD14 (soluble CD14): receptor de LPS liberado por monocitos activados, también asociado a traslocación microbiana y activación inmune crónica.
  • EndoCAb IgA/IgM/IgG (Endotoxin Core Antibodies): anticuerpos frente al núcleo de endotoxinas bacterianas. Niveles elevados o patrón invertido indican exposición repetida a LPS.
  • IgA/IgM frente a LPS de Enterobacteriaceae: utilizados en estudios clásicos (Maes et al.) para detectar disbiosis con traslocación bacteriana.
  • Anticuerpos frente a flagelina bacteriana: reflejan contacto del sistema inmune con fragmentos bacterianos estructurales. Elevados en enfermedades inflamatorias crónicas intestinales o sistémicas.
  • Intestinal Fatty Acid Binding Protein (I-FABP): marcador de daño epitelial intestinal, especialmente enterocitos del intestino delgado. Elevado en condiciones de hiperpermeabilidad y lesión aguda de mucosa.
  • Zonulina sérica o fecal: marcador indirecto de apertura de uniones estrechas epiteliales. Elevada en casos de permeabilidad intestinal aumentada.
  • DAO (Diamino Oxidasa): aunque se usa sobre todo en intolerancia a histamina, niveles bajos también pueden reflejar alteración de la mucosa intestinal.

Tratamiento y abordaje integral

No existe un protocolo único, pero muchos pacientes se benefician de estrategias combinadas y adaptadas a su perfil. Algunas opciones incluyen:

1. MODULACIÓN DE LA MICROBIOTA:

  • Probióticos con cepas específicas: B. longum, L. plantarum, L. rhamnosus GG, Akkermansia muciniphila, E. faecium (en algunos casos).
  • Prebióticos fermentables: inulina, FOS, almidón resistente (según tolerancia).
  • Dieta personalizada para favorecer microbiota beneficiosa: rica en fibra soluble, polifenoles, vegetales amargos.

2. REPARACIÓN DE LA MUCOSA INTESTINAL:

  • Glutamina, zinc carnosina, N-acetilglucosamina (NAG), ácido butírico, vitamina D, aloe vera.
  • Combinaciones de nutrientes estructurales: colágeno, ácido hialurónico, condroitina, silicio orgánico, vitamina C).
El caldo de huesos es una fuente natural de colágeno, glutamina y minerales esenciales para reparar la mucosa intestinal. Su consumo regular puede fortalecer la barrera epitelial y reducir la inflamación. Ideal en dietas para SFC/EM y permeabilidad intestinal.
El caldo de huesos es una fuente natural de colágeno, glutamina y minerales esenciales para reparar la mucosa intestinal. Su consumo regular puede fortalecer la barrera epitelial y reducir la inflamación. Ideal en dietas para SFC/EM y permeabilidad intestinal.

3. REDUCCIÓN DE SOBRECRECIMIENTO O PATÓGENOS INTESTINALES:

  • Antimicrobianos naturales: berberina, ajo negro, orégano, extracto de hoja de olivo, neem, lactoferrina, alicina.
  • Bacteriófagos específicos (en tests avanzados).
  • En casos resistentes, rotación o combinación de antimicrobianos guiada por análisis.

4. REGULACIÓN INMUNITARIA E INFLAMATORIA LOCAL:

  • Quercetina, luteolina, curcumina, resveratrol.
  • Suplementos con butirato y tributirina (antiinflamatorio local e inmunomodulador).
  • Polifenoles como EGCG (té verde), pterostilbeno y flavonoides cítricos.

5. APOYO DIGESTIVO:

  • Enzimas digestivas en comidas principales.
  • Ácido clorhídrico (si hay hipoclorhidria documentada).
  • Bitters herbales para estimular secreciones digestivas.

6. DIETAS ESPECÍFICAS SEGÚN INTOLERANCIAS:

  • Dieta baja en FODMAPs, sin gluten, baja en histamina, sin caseína, según el perfil individual.
  • Reintroducción gradual con guía profesional para evitar deficiencias nutricionales.

7. APOYO ESTRUCTURAL DEL TEJIDO CONECTIVO:

  • Colágeno hidrolizado (tipo I y II), ácido hialurónico, condroitina, glucosamina.
  • Vitamina C, silicio, L-lisina, L-prolina.

El tratamiento digestivo debe formar parte de un abordaje más amplio que incluya aspectos inmunológicos, neurológicos, energéticos y de estilo de vida. Evaluar la respuesta a las intervenciones digestivas puede guiar mejoras más globales en el SFC/EM.


Evidencia clínica de tratamientos digestivos en SFC/EM y Long COVID

1. Probióticos en SFC/EM

  • Lactobacillus casei Shirota (LcS): estudio piloto doble ciego controlado (Nakamura et al., 2009) en 39 pacientes con SFC/EM. Administraron 24 mil millones de UFC durante 8 semanas. Resultado: aumento de Lactobacillus, Bifidobacterium y mejoría en ansiedad.
    (Rao et al., 2019).
  • Bifidobacterium infantis 35624: en un ensayo clínico aleatorizado, 48 pacientes tomaron esta cepa durante 8 semanas. Se redujeron significativamente TNF-α, IL-6 y PCR. Groeger et al., (2013).
  • Lactobacillus + Bifidobacterium (mix): en un pequeño estudio de 15 personas, se observó mejora de síntomas emocionales aunque no se midieron cambios en fatiga.
    (Wallis, et al. 2018)

2. Sinbióticos en Long COVID

  • Un ensayo RCT (Castelli et al., 2024) con 26 pacientes con Fatiga Post-COVID administró sinbióticos con L. rhamnosus, L. plantarum, B. lactis, B. longum, FOS y zinc durante 3 meses. Resultados: mejoría en fatiga, malestar post-esfuerzo y metabolitos cerebrales. Ranisavljev et al,. (2024)

3. Dieta fermentada en Long COVID

  • En marcha el ensayo NCT06560554 (UCSF, 2024) con dieta rica en fermentados para modular microbiota y reducir síntomas neuroinflamatorios. Resultados pendientes.
    Karnatovskaia, L., et al. (2025)

4. Antimicrobianos (naturales y farmacológicos)

  • Estudios con neomicina en SFC con SIBO muestran mejora en dolor, función cognitiva y digestiva, aunque la evidencia es observacional. Pimentel, M. (2.000)

5. Reparación de la permeabilidad intestinal

  • Corbitt et al. (2018): evidencia limitada para probióticos en SFC/EM, aunque algunos estudios muestran mejoras en marcadores inflamatorios y bienestar emocional.
  • Stallmach et al. (2024): destacan que intervenciones en microbiota pueden modular la neuroinflamación y la permeabilidad, pero requieren más estudios controlados
  • En este estudio observacional longitudinal (Maes, 2008), pacientes con SFC y altos niveles de IgA/IgM frente a LPS bacteriano recibieron intervención intestinal (nutrientes, dieta, antiinflamatorios). Se observó mejoría clínica paralela a la normalización inmunológica.

Tabla resumen

IntervenciónPoblaciónDiseñoResultados principales
L. casei ShirotaSFC/EM (n=39)RCT, 8 semanas↑ Lactobacillus/Bifido, ↓ ansiedad
B. infantis 35624SFC/EM (n=48)RCT, 8 semanas↓ CRP, TNF-α
Sinbiótico + zincLong COVID (n=26)RCT, 3 meses↓ fatiga, ↓ PEM, ↑ marcadores cerebrales
Neomicina (SIBO)SFC/EMObservacional↓ dolor, ↑ función cognitiva
Reparación permeabilidad (LPS)SFC/EM (n>30)Observacional↓ IgA/IgM anti-LPS, ↑ síntomas clínicos tras intervención

Conclusión

Las alteraciones del aparato digestivo en el SFC/EM no deben considerarse síntomas accesorios. Por el contrario, pueden constituir un eje fisiopatológico clave en la enfermedad, especialmente en pacientes con marcada disbiosis, intolerancias alimentarias y síntomas inflamatorios. Comprender y tratar el intestino puede tener un impacto profundo en la evolución del SFC, mejorando no sólo la función digestiva, sino también la inmunidad, la cognición y la energía celular.


REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS

Revisión exhaustiva de ensayos clínicos en SFC/EM realizada por Seton et al. (2024) resume los avances terapéuticos más prometedores, incluyendo intervenciones dirigidas a la microbiota intestinal, antiinflamatorios, antivirales, dieta, probióticos, inmunoterapia y neuromodulación, entre otros enfoques.
Seton, K. A., Espejo-Oltra, J. A., Giménez-Orenga, K., Haagmans, R., Ramadán, D. J., & Mehlsen, J. (2024). Advancing Research and Treatment: An Overview of Clinical Trials in Myalgic Encephalomyelitis/Chronic Fatigue Syndrome (ME/CFS) and Future Perspectives. Journal of Clinical Medicine, 13(2), 325. https://doi.org/10.3390/jcm13020325

Una revisión exhaustiva publicada por König et al. (2022) en Frontiers in Immunology resume las alteraciones del microbioma intestinal observadas en pacientes con EM/SFC y su posible relación con mecanismos autoinmunes, inmunitarios e inflamatorios persistentes.
König, R. S., Albrich, W. C., Kahlert, C. R., Bahr, L. S., Löber, U., Vernazza, P., Scheibenbogen, C., & Forslund, S. K. (2022). The gut microbiome in myalgic encephalomyelitis (ME)/chronic fatigue syndrome (CFS). Frontiers in Immunology, 12, 628741. https://doi.org/10.3389/fimmu.2021.628741

Hsu, C.-Y., Ahmad, I., Maya, R. W., Abass, M. A., Gupta, J., Singh, A., Joshi, K. K., Premkumar, J., Sahoo, S., & Khosravi, M. (2025). The potential therapeutic approaches targeting gut health in myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome (ME/CFS): A narrative review. Journal of Translational Medicine, 23(Article 267) . https://doi.org/10.1186/s12967-025-06527-x

Giloteaux, L., Goodrich, J.K., Walters, W.A. et al. (2016). Reduced diversity and altered composition of the gut microbiome in individuals with myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome. Microbiome 4, 30
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https://doi.org/10.1186/s40001-024-01747-1

Maes, M., Mihaylova, I., & Leunis, J.-C. (2007). Increased serum IgA and IgM against LPS of enterobacteria in chronic fatigue syndrome (CFS): Indication for the involvement of gram-negative enterobacteria in the etiology of CFS and for the presence of an increased gut–intestinal permeability. Journal of Affective Disorders, 99(1–3), 237–240. https://doi.org/10.1016/j.jad.2006.08.021

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Rao, A.V., Bested, A.C., Beaulne, T.M. et al. (2009). A randomized, double-blind, placebo-controlled pilot study of a probiotic in emotional symptoms of chronic fatigue syndrome. Gut Pathog
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